Микрочипы GeneChip™ Bovine Gene 1.0 ST Array позволяют:

• Измерять экспрессию по всей длине гена с более высоким разрешением и точностью, чем классические микрочипы с 3'-ориентацией.
• Получать точные и воспроизводимые данные, используя множественные независимые измерения для каждого транскрипта.

Общая информация

Модельные и прикладные исследовательские организмы важны для сравнительных геномных исследований, эволюционной биологии и продолжают играть важную роль в расшифровке молекулярных механизмов, лежащих в основе болезней человека и улучшения сельскохозяйственных культур. GeneChip Gene 1.0 ST Arrays были разработаны для анализа широкого спектра модельных и прикладных исследовательских организмов. Эти организмы являются последним дополнением к растущему семейству микрочипов для анализа экспрессии генов, предлагающих покрытие всего транскрипта. GeneChip Gene 1.0 ST Arrays были разработаны в сотрудничестве с влиятельными исследователями, такими как Алан Арчибальд, руководитель отдела генетики и геномики в Институте Рослина (дизайн микрочипа для свиней), Леонард Зон, директор программы исследований стволовых клеток, и И Чжоу, директор геномного центра программы исследований стволовых клеток в Детской больнице Бостона и Гарвардской медицинской школе в Бостоне (дизайн микрочипа для рыбок данио).

Основные преимущества

• Максимальное покрытие транскриптов – получайте надежные измерения экспрессии хорошо аннотированного контента с использованием до 26 зондов на транскрипт.
• Анализ всего транскриптома – регистрируйте изоформы транскриптов, которые можно пропустить при использовании конструкций экспрессии с 3'-ориентацией.
• Высокая корреляция данных – достигайте высокой меж- и внутричиповой корреляции сигнала (R >0.99).

Проверенная производительность от отраслевого стандарта

GeneChip Gene 1.0 ST Arrays предлагают покрытие всего транскриптома для избранных модельных и прикладных исследовательских организмов. Все дизайны основаны на самой последней геномной информации и предлагают наивысшее покрытие зондами (до 26 зондов по всей длине гена). Это обеспечивает точное обнаружение для анализа микрочипов всего транскриптома и обеспечивает более высокое разрешение и точность, чем другие классические микрочипы с 3'-ориентацией, представленные на рынке. Подход анализа всего транскриптома позволяет исследователям обнаруживать несколько изоформ транскриптов, включая те, которые можно пропустить при использовании конструкции экспрессии с 3'-ориентацией, такие как варианты сплайсинга, нетранскрибируемые транскрипты, транскрипты с альтернативными сайтами полиаденилирования и усеченные транскрипты.

Комплексные реагенты, программное обеспечение и инструменты для оптимальной производительности микрочипов

Для удобства и полной поддержки Gene 1.0 ST Array предоставляется как часть комплексного решения, которое включает реагенты и инструменты GeneChip:

• Реагенты для мечения и контроля мишеней GeneChip WT Sense Target Labeling and Control Reagents. Для получения подробной информации о процедуре анализа и информации о производительности обратитесь к руководству по анализу мечения мишеней WT Sense Target Labeling Assay Manual.
• Станция обработки жидкостей GeneChip Fluidics Station 450 для полной автоматической обработки микрочипов для получения наивысшего уровня воспроизводимости.
• Сканер GeneChip Scanner 3000 7G с дополнительным автозагрузчиком для получения изображений микрочипов.

Мы предлагаем несколько инструментов, которые помогут вам в анализе данных, включая программное обеспечение GeneChip Expression Console, NetAffx Analysis Center и Integrated Genome Browser (IGB).

Expression Console Software - это простое в использовании приложение, которое позволяет суммировать наборы зондов, а также предварительно оценивать качество данных. Простой рабочий процесс позволяет пользователю быстро анализировать данные. Полученные данные можно дополнительно анализировать с помощью программных приложений от GeneChip-совместимых поставщиков программного обеспечения.

NetAffx Analysis Center с регулярно обновляемыми биологическими и функциональными аннотациями наборов зондов является наиболее полным ресурсом для аннотаций микрочипов и информации о последовательности зондов. Гибкие инструменты запросов и внешние ссылки позволяют исследователям углубляться в гены и аннотации, представляющие интерес. Этот ресурс упрощает интерпретацию результатов микрочипов и быстрое планирование последующих исследований.

Рабочий процесс

Исследователи также могут использовать IGB для визуализации результатов в геномном контексте. Геномные аннотации, включая последовательности RefSeq, SNP и геномные локации из различных источников, можно просматривать вместе с данными сигнала экспрессии генов микрочипов.

Рабочий процесс анализа данных Gene 1.0 ST Array аналогичен рабочему процессу анализа экспрессии генов 3', с использованием Expression Console 1.1, стороннего GeneChip-совместимого программного обеспечения и инструментов аннотации в NetAffx Analysis Center и IGB.

Профиль контента

GeneChip Gene 1.0 ST Arrays обеспечивают новейшее покрытие транскрибируемого генома. Мы используем полный набор информационных источников для разработки зондов, которые опрашивают до 26 уникальных последовательностей каждого транскрипта. Вместе эти 26 уникальных 25-мерных зондов опрашивают до 650 оснований на транскрипт. Это высокое покрытие зондами по всему транскрипту обеспечивает превосходную производительность и достоверность данных, а также возможность обновления экспериментальных данных по мере роста понимания каждого генома и транскриптома.