GeneChip™ Porcine Gene 1.0 ST Arrays позволяют:

• Измерять экспрессию по всей длине гена с более высоким разрешением и точностью, чем при использовании классических микрочипов с 3'-смещением.
• Получать точные и воспроизводимые данные, используя несколько независимых измерений для каждого транскрипта.

Общая информация

Модельные и прикладные организмы имеют большое значение для сравнительных геномных исследований, эволюционной биологии и продолжают играть важную роль в расшифровке молекулярных механизмов, лежащих в основе заболеваний человека и улучшения сельскохозяйственных культур. GeneChip Gene 1.0 ST Arrays были разработаны для анализа широкого спектра модельных и прикладных организмов. Эти организмы являются последним дополнением к растущему семейству микрочипов для анализа экспрессии генов, обеспечивающих охват всего транскрипта. GeneChip Gene 1.0 ST Arrays были разработаны в сотрудничестве с влиятельными исследователями.

Ключевые преимущества

• Максимальный охват транскриптов – получайте надежные измерения экспрессии хорошо аннотированного контента с до 26 зондов на транскрипт.
• Анализ всего транскриптома – захватывайте изоформы транскриптов, которые вы можете пропустить при использовании конструкций экспрессии с 3'-смещением.
• Высокая корреляция данных – достигайте высокой меж- и внутричиповой корреляции сигнала (R >0.99).

Проверенная производительность от отраслевого стандарта

GeneChip Gene 1.0 ST Arrays обеспечивают охват всего транскриптома для избранных модельных и прикладных организмов. Все конструкции основаны на самом последнем геномном контенте и предлагают высочайший охват зондами (до 26 зондов по всей длине гена). Это обеспечивает точное обнаружение для микрочипового анализа всего транскриптома и обеспечивает более высокое разрешение и точность, чем другие классические решения для микрочипов с 3'-смещением, представленные на рынке. Подход к анализу всего транскриптома позволяет исследователям обнаруживать множественные изоформы транскриптов, в том числе те, которые можно пропустить при использовании конструкции экспрессии с 3'-смещением, такие как варианты сплайсинга, нетранскрибированные транскрипты с альтернативными сайтами полиаденилирования и усеченные транскрипты.

Комплексные реагенты, программное обеспечение и инструментальное решение для оптимальной производительности чипа

Для удобства и полной поддержки Gene 1.0 ST Array предоставляется как часть комплексного решения, которое включает в себя реагенты и инструменты GeneChip:

• Реагенты для мечения и контроля мишеней GeneChip WT Sense. Подробную информацию о процедуре анализа и информацию о производительности см. в руководстве по анализу мечения мишеней WT Sense.
• Станция пробоподготовки GeneChip Fluidics Station 450 для полной автоматической обработки чипа для получения высочайшего уровня воспроизводимости.
• Сканер GeneChip Scanner 3000 7G с дополнительным автозагрузчиком для получения изображений чипов.

Мы предлагаем несколько инструментов, которые помогут вам в анализе ваших данных, включая программное обеспечение GeneChip Expression Console, NetAffx Analysis Center и Integrated Genome Browser (IGB).

Expression Console Software - это простое в использовании приложение, которое позволяет суммировать наборы зондов, а также проводить предварительную оценку качества данных. Простой рабочий процесс позволяет пользователю быстро анализировать данные. Полученные данные могут быть дополнительно проанализированы с помощью программных приложений от поставщиков программного обеспечения, совместимых с GeneChip.

NetAffx Analysis Center с регулярно обновляемыми биологическими и функциональными аннотациями наборов зондов является наиболее полным ресурсом для аннотаций чипов и информации о последовательности зондов. Гибкие инструменты запросов и внешние ссылки позволяют исследователям углубляться в гены и аннотации, представляющие интерес. Этот ресурс упрощает интерпретацию результатов микрочипов и позволяет быстро разрабатывать последующие исследования.

Рабочий процесс

Исследователи также могут использовать IGB для визуализации результатов в геномном контексте. Геномные аннотации, включая последовательности RefSeq, SNPs и геномные локации из различных источников, можно просматривать вместе с данными сигнала экспрессии генов микрочипов.

Рабочий процесс анализа данных Gene 1.0 ST Array аналогичен рабочему процессу для анализа экспрессии генов 3', с использованием Expression Console 1.1, стороннего программного обеспечения, совместимого с GeneChip, и инструментов аннотации в NetAffx Analysis Center и IGB.

Профиль контента

GeneChip Gene 1.0 ST Arrays обеспечивают новейшее покрытие транскрибированного генома. Мы используем всеобъемлющий набор источников информации для разработки зондов, которые исследуют до 26 уникальных последовательностей каждого транскрипта. Вместе эти 26 уникальных 25-мерных зондов исследуют до 650 оснований на транскрипт. Это высокое покрытие зондами по всему транскрипту обеспечивает превосходную производительность и достоверность данных, а также возможность обновления ваших экспериментальных данных по мере роста понимания каждого генома и транскриптома.