GeneChip™ Guinea Pig Gene 1.0 ST Array позволяет:

• Измерять экспрессию по всему гену с более высоким разрешением и точностью, чем классические микрочипы с 3'-смещением.
• Получать точные и воспроизводимые данные, используя несколько независимых измерений для каждого транскрипта.

Общая информация

Модельные организмы важны для сравнительных геномных исследований и эволюционной биологии, а также играют ключевую роль в изучении молекулярных механизмов заболеваний человека и улучшения сельскохозяйственных культур. GeneChip Gene 1.0 ST Arrays разработаны для анализа широкого спектра модельных организмов и предоставляют полное покрытие транскриптома.

Основные преимущества:

• Максимальное покрытие транскрипта – получение надежных измерений экспрессии с использованием до 26 зондов на транскрипт.
• Анализ всего транскриптома – обнаружение изоформ транскриптов, которые можно пропустить при использовании 3'-смещенных дизайнов экспрессии.
• Высокая корреляция данных – достижение высокой корреляции сигнала между массивами (R > 0,99).

Проверенная производительность от отраслевого стандарта

GeneChip Gene 1.0 ST Arrays обеспечивают покрытие всего транскриптома для выбранных модельных организмов. Все дизайны основаны на актуальной геномной информации и предлагают максимальное покрытие зондами (до 26 зондов по всей длине гена). Это обеспечивает точное обнаружение для анализа микрочипов всего транскриптома и более высокое разрешение и точность, чем другие классические решения для микрочипов с 3'-смещением, доступные на рынке. Подход к анализу всего транскриптома позволяет обнаруживать множественные изоформы транскриптов, в том числе те, которые можно пропустить при использовании 3'-смещенного дизайна экспрессии, такие как варианты сплайсинга, не-полиаденилированные транскрипты, транскрипты с альтернативными сайтами полиаденилирования и усеченные транскрипты.

Комплексные реагенты, программное обеспечение и инструментальное решение для оптимальной производительности массивов

Gene 1.0 ST Array предоставляется в рамках комплексного решения, которое включает реагенты и инструменты GeneChip:

• Реагенты для мечения и контроля GeneChip WT Sense Target.
• Станция подготовки GeneChip Fluidics Station 450 для автоматизированной обработки массивов.
• Сканер GeneChip Scanner 3000 7G с автозагрузчиком для получения изображений массивов.

Предлагается программное обеспечение для анализа данных, включая GeneChip Expression Console; NetAffx Analysis Center и Integrated Genome Browser (IGB).

Expression Console Software – это приложение для суммирования наборов зондов и предварительной оценки качества данных. Полученные данные можно анализировать с помощью программного обеспечения от GeneChip-compatible™.

NetAffx Analysis Center – ресурс для аннотаций массивов и информации о последовательностях зондов, позволяет интерпретировать результаты микрочипов и проектировать дальнейшие исследования.

Рабочий процесс

IGB позволяет визуализировать результаты в геномном контексте. Геномные аннотации, включая последовательности RefSeq, SNP и геномные местоположения из различных источников, можно просматривать вместе с данными о сигналах экспрессии генов микрочипов.

Анализ данных Gene 1.0 ST Array аналогичен анализу экспрессии генов 3', с использованием Expression Console 1.1, программного обеспечения GeneChip-compatible и инструментов аннотации в NetAffx Analysis Center и IGB.

Состав

GeneChip Gene 1.0 ST Arrays обеспечивают актуальное покрытие транскрибируемого генома. Для проектирования зондов используется коллекция источников информации, которые исследуют до 26 уникальных последовательностей каждого транскрипта. Вместе эти 26 уникальных 25-мерных зондов исследуют до 650 оснований на транскрипт. Такое высокое покрытие зондами по всему транскрипту обеспечивает превосходную производительность и достоверность данных, а также возможность обновлять экспериментальные данные по мере роста понимания каждого генома и транскриптома.

Только для исследовательских целей. Не для использования в диагностических процедурах.

Характеристики

GeneChip™ Guinea Pig Gene 1.0 ST Array