Преимущества GeneChip™ Rice (Cn) Gene 1.0 ST Array:

• Измерение экспрессии по всей длине гена с более высоким разрешением и точностью, чем у классических микрочипов, ориентированных на 3'-конец.
• Получение точных и воспроизводимых данных благодаря использованию нескольких независимых измерений для каждого транскрипта.

Общая информация

Модельные и прикладные исследовательские организмы важны для сравнительных геномных исследований, эволюционной биологии и продолжают играть решающую роль в расшифровке молекулярных механизмов, лежащих в основе заболеваний человека и улучшения сельскохозяйственных культур. GeneChip Gene 1.0 ST Arrays были разработаны для анализа широкого спектра модельных и прикладных исследовательских организмов. Эти организмы являются последним дополнением к растущему семейству микрочипов для анализа экспрессии генов, предлагающих покрытие всего транскрипта. GeneChip Gene 1.0 ST Arrays были разработаны в сотрудничестве с влиятельными исследователями.

Ключевые преимущества

• Максимальное покрытие транскриптов – получение надежных измерений экспрессии хорошо аннотированного контента с использованием до 26 зондов на транскрипт.
• Анализ всего транскриптома – захват изоформ транскриптов, которые можно пропустить при использовании дизайнов экспрессии, ориентированных на 3'-конец.
• Высокая корреляция данных – достижение высокой меж- и внутричиповой корреляции сигнала (R >0.99).

Проверенная производительность от отраслевого стандарта

GeneChip Gene 1.0 ST Arrays предлагают покрытие всего транскриптома для выбранных модельных и прикладных исследовательских организмов. Все дизайны основаны на самом последнем геномном контенте и предлагают самое высокое покрытие зондами (до 26 зондов по всей длине гена). Это обеспечивает точное обнаружение для микрочипового анализа всего транскриптома и обеспечивает более высокое разрешение и точность, чем другие классические решения для микрочипов, ориентированных на 3'-конец, представленные на рынке. Подход к анализу всего транскриптома позволяет исследователям обнаруживать множественные изоформы транскриптов, включая те, которые можно пропустить при использовании дизайна экспрессии, ориентированного на 3'-конец, такие как варианты сплайсинга, нетранскрибированные транскрипты, транскрипты с альтернативными сайтами полиаденилирования и усеченные транскрипты.

Комплексное решение, включающее реагенты, программное обеспечение и инструменты для оптимальной работы микрочипов

Для удобства и полной поддержки Gene 1.0 ST Array предоставляется как часть комплексного решения, которое включает в себя реагенты и инструменты GeneChip: GeneChip WT Sense Target Labeling and Control Reagents; GeneChip Fluidics Station 450 для полностью автоматизированной обработки микрочипов для получения самых высоких уровней воспроизводимости; GeneChip Scanner 3000 7G с дополнительным автозагрузчиком для получения изображений микрочипов.

Для анализа данных доступны Expression Console software и NetAffx Analysis Center.

Expression Console Software — это простое в использовании приложение, которое позволяет суммировать наборы зондов, а также проводить предварительную оценку качества данных. Полученные данные можно дополнительно анализировать с помощью программных приложений от поставщиков программного обеспечения GeneChip-compatible™.

NetAffx Analysis Center с регулярно обновляемыми биологическими и функциональными аннотациями наборов зондов является наиболее полным ресурсом для аннотаций микрочипов и информации о последовательностях зондов. Гибкие инструменты запросов и внешние ссылки позволяют исследователям углубляться в гены и аннотации, представляющие интерес. Этот ресурс упрощает интерпретацию результатов микрочипов и быстрое планирование последующих исследований.

Рабочий процесс

Исследователи также могут использовать IGB для визуализации результатов в геномном контексте. Геномные аннотации, включая последовательности RefSeq, SNP и геномные местоположения из различных источников, можно просматривать вместе с данными сигнала экспрессии генов микрочипов.

Рабочий процесс анализа данных Gene 1.0 ST Array аналогичен рабочему процессу для анализа экспрессии генов 3', с использованием Expression Console 1.1, стороннего программного обеспечения, совместимого с GeneChip, и инструментов аннотации в NetAffx Analysis Center и IGB.

Содержание

GeneChip Gene 1.0 ST Arrays обеспечивают самое последнее покрытие транскрибируемого генома. Мы используем исчерпывающий набор источников информации для разработки зондов, которые опрашивают до 26 уникальных последовательностей каждого транскрипта. Вместе эти 26 уникальных 25-мерных зондов опрашивают до 650 оснований на транскрипт. Это высокое покрытие зондами по всему транскрипту обеспечивает превосходную производительность и надежность данных, а также возможность обновления экспериментальных данных по мере роста понимания каждого генома и транскриптома.

Только для исследовательского использования. Не для использования в диагностических процедурах.