GeneChip™ C. elegans Gene 1.0 ST Array: Анализ транскриптома нематоды

Базы данных псевдогенов не были включены в дизайн экспрессионных микрочипов.

Меченый материал можно хранить в течение 2 недель при -20 градусах C.

Чтобы установить файлы библиотеки для Gene 2.0 ST Array для Command Console, просто запустите исполняемый файл установщика библиотеки.

Протоколы для массивов Gene 1.0 ST и Exon 1.0 ST одинаковы до этапов фрагментации и мечения.
В зависимости от количества входного материала, пожалуйста, обратитесь к протоколу набора реагентов GeneChip WT Pico Reagent Kit или GeneChip WT PLUS Reagent Kit:
- WT Pico: 50 - 500 нг суммарной РНК
- WT PLUS: ≥ 100 пг суммарной РНК (приблизительно 10 клеток)
Начиная с этапа гибридизации, различия в протоколе обусловлены форматом массивов. Exon array — это массив формата 49, а Gene 1.0 ST array - массив формата 169.
Для этапа работы с жидкостями следует использовать следующие скрипты в зависимости от используемого массива:
- Gene 1.0 St array: FS450_0001
- Exon 1.0 St array: FS450_0007

Установка файлов библиотеки для Gene 1.0 ST Array для AGCC требует использования Affymetrix Library File Importer, который преобразует файлы библиотеки GCOS в формат AGCC, а затем импортирует файлы в папку файлов библиотеки Command Console. Library File Importer может преобразовывать файлы из локальной установки GCOS, с сервера GCOS на удаленном Windows Server или из пакета файлов библиотеки GCOS на CD или диске.

Gene 2.0 ST Array — это массив в формате 100.

Массив GeneChip Gene 1.0 ST представлен в формате 81/4. Обратите внимание, что формат 81/4 следует рассматривать как эквивалент массивам формата 100.

При обработке Gene 2.0 ST Array следует использовать FS450_00002. Актуальные скрипты для системы подачи жидкости можно получить на веб-сайте.

Для подготовки образцов к использованию с Gene 1.0 ST Array и Gene 2.0 ST Array рекомендуется использовать набор WT Plus или набор WT Pico.

При обработке Gene 1.0 ST Array следует использовать FS450_00007. Актуальные скрипты подачи жидкости можно получить на веб-сайте.

GeneChip Operating Software (GCOS) или GeneChip Command Console Software (AGCC) можно использовать для обработки Gene 1.0 ST Arrays в процессах промывки и сканирования. Gene 2.0 ST Arrays используют обновленный пакет установки, который не совместим с GCOS. Gene 2.0 ST Arrays требуют AGCC для промывки и сканирования. Affymetrix Expression Console Software необходим для выполнения анализа контроля качества данных q4Gene 1.0 ST и Gene 2.0 ST Array. Expression Console Software можно бесплатно скачать с веб-сайта.

При использовании набора Ambion WT Expression требуется минимум 50 нг исходной тотальной РНК. Сокращение рибосомальной РНК из исходного материала не требуется.