Массивы GeneChip™ Tomato Gene 1.0 ST позволяют:

• Измерять экспрессию по всему гену с более высоким разрешением и точностью, чем классические микрочипы с 3'-смещением.
• Получать точные и воспроизводимые данные, используя несколько независимых измерений для каждого транскрипта.

Общая информация

Модельные организмы важны для сравнительных геномных исследований, эволюционной биологии и играют ключевую роль в расшифровке молекулярных механизмов, лежащих в основе заболеваний человека и улучшения сельскохозяйственных культур. Массивы GeneChip Gene 1.0 ST разработаны для анализа широкого спектра модельных организмов. Они являются новейшим дополнением к семейству микрочипов для анализа экспрессии генов, предлагающих покрытие всего транскрипта.

Ключевые преимущества

• Максимальное покрытие транскриптов – получайте надежные измерения экспрессии с использованием до 26 зондов на транскрипт.
• Анализ всего транскриптома – улавливайте изоформы транскриптов, которые вы могли пропустить при использовании 3'-смещенных дизайнов.
• Высокая корреляция данных – достигайте высокой корреляции сигнала между массивами (R > 0,99).

Проверенная производительность от отраслевого стандарта

Массивы GeneChip Gene 1.0 ST предлагают покрытие всего транскриптома для выбранных модельных организмов. Все разработки основаны на самой последней геномной информации и предлагают самое высокое покрытие зондами (до 26 зондов по всей длине гена). Это позволяет проводить точное обнаружение для анализа микрочипов всего транскриптома и обеспечивает более высокое разрешение и точность, чем другие классические решения микрочипов с 3'-смещением, представленные на рынке. Подход к анализу всего транскриптома позволяет исследователям обнаруживать несколько изоформ транскриптов, включая те, которые можно пропустить, используя дизайн с 3'-смещением, такие как варианты сплайсинга, нетранскрибируемые транскрипты, транскрипты с альтернативными сайтами полиаденилирования и усеченные транскрипты.

Комплексные реагенты, программное обеспечение и инструментальное решение для оптимальной работы массива

Массив Gene 1.0 ST предоставляется как часть комплексного решения, которое включает реагенты и инструменты GeneChip:

• Реагенты для мечения и контроля GeneChip WT Sense Target.
• Станция GeneChip Fluidics Station 450 для полной автоматической обработки массива.
• Сканер GeneChip Scanner 3000 7G с дополнительным автозагрузчиком для получения изображений массива.

Предлагается программное обеспечение GeneChip Expression Console для предварительной оценки качества данных. Полученные данные можно анализировать с использованием программного обеспечения от сторонних поставщиков, совместимого с GeneChip™.

NetAffx Analysis Center с регулярно обновляемой биологической и функциональной аннотацией зондов является ресурсом для аннотации массивов и информации о последовательности зондов. Инструменты запросов и внешние ссылки позволяют исследователям углубляться в гены и аннотации.

Исследователи могут использовать IGB для визуализации результатов в геномном контексте. Геномные аннотации, включая последовательности RefSeq, SNP и геномные местоположения из различных источников, можно просматривать вместе с данными сигнала экспрессии генов микрочипов.

Анализ данных массива Gene 1.0 ST аналогичен анализу экспрессии генов 3', с использованием Expression Console 1.1, стороннего программного обеспечения GeneChip-compatible и инструментов аннотации в NetAffx Analysis Center и IGB.

Профиль контента

Массивы GeneChip Gene 1.0 ST обеспечивают покрытие транскрибируемого генома. Для разработки зондов используются информационные источники, которые опрашивают до 26 уникальных последовательностей каждого транскрипта. Вместе эти 26 уникальных 25-мерных зондов опрашивают до 650 оснований на транскрипт. Такое высокое покрытие зондами по всему транскрипту обеспечивает превосходную производительность и уверенность в данных, а также возможность обновления ваших экспериментальных данных по мере роста понимания каждого генома и транскриптома.