GeneChip™ Rat Genome 230 2.0 Array, 6 arrays

Пожалуйста, обратитесь к Руководству по реагентам для микрочипов и наборов для экспрессии, чтобы подобрать правильные реагенты для вашей матрицы.

GeneChip Command Console не может сгенерировать сравнительный анализ между различными типами массивов.

Сканирование одного Rat 230 2.0 array занимает приблизительно 9 минут. Это примерно на 25% меньше времени, чем требуется для сканирования массивов Rat 230A и Rat 230B вместе взятых.

Набор для гибридизации/промывки/окрашивания для GeneChip miRNA 3.1 Array Strips отличается от набора для 3' IVT array и GeneChip ST array strips. Были добавлены дополнительные этапы промывки A, чтобы обеспечить адекватную промывку после окрашивания array strips.

Первая назначенная мРНК/ген, указанная в файле аннотации для данного набора проб или транскриптного кластера, считается «лучшим» назначением на основе ранжирования качества источника данных и системы оценки назначений. Чтобы получить одно «лучшее» назначение мРНК/гена, вы можете просто взять первое в списке в файле аннотации.

Иногда между транскриптными кластерами (или набором проб) и мРНК/геном может быть несколько «лучших» совпадений с идентичным баллом и качеством источника данных. В этом случае назначения транскриптов ранжируются на основе их описаний (например, заголовка из записи GenBank).

Для транскриптных кластеров, которые обнаруживают гены, подвергающиеся альтернативному сплайсингу, различные сплайсированные формы будут ранжироваться по длине, причем самые длинные будут указаны первыми.

Один массив Rat 230 2.0 генерирует приблизительно 92 МБ данных.

Суффиксы в конце каждого пробасета в GeneChip 3' IVT массивах указывают на известные данные о последовательности на момент разработки:
_at = все пробы соответствуют одному известному транскрипту
_a = все пробы в наборе соответствуют альтернативным транскриптам из одного и того же гена
_s = все пробы в наборе соответствуют транскриптам из разных генов
_x = некоторые пробы соответствуют транскриптам из разных генов

Чтобы получить патч для сканирования высокого разрешения, обратитесь к специалистам.

Найдите дополнительные советы и помощь в устранении неполадок.

Да, но мы рекомендуем хранить ваш GeneChip 3' IVT Array после гибридизации и до этапа подачи жидкости не более 3 часов при 4 градусах C. Пожалуйста, удалите гибридизационный коктейль и заполните раствором для промывки A перед хранением.

Ниже приведен список обстоятельств и разъяснения относительно необходимости применения патча сканирования высокого разрешения. Помните, что патч сканирования высокого разрешения должен применяться только поверх GCOS, а не программного обеспечения AGCC.

a. GeneChip Scanner 3000 (серийные номера 502xxxxx): Инженер по обслуживанию оборудования при установке применил патч сканирования высокого разрешения к компьютеру, управляющему GeneChip Scanner 3000, но не к рабочим станциям или серверам (см. пункты c и d ниже).

b. GeneChip Scanner 3000 (серийные номера 501xxxxx): Инженер по обслуживанию оборудования применит патч сканирования высокого разрешения к компьютеру, управляющему GeneChip Scanner 3000, во время обновления, но не к рабочим станциям или серверам (см. пункты c и d ниже).

c. Аналитические рабочие станции и клиенты: Вы должны применить патч сканирования высокого разрешения.d. Обновление сервера: Ваш администратор базы данных должен применить патч сканирования высокого разрешения в координации с обновлением сервера до GCOS.

e. Установка библиотечных файлов после установки или обновления сканера: Патч сканирования высокого разрешения должен быть применен повторно после установки библиотечных файлов для массивов, предшествующих Rat 230 2.0 Array. Rat 230 2.0 array и библиотечные файлы готовы к сканированию высокого разрешения. Сообщение об ошибке 'невозможно прочитать параметры для типа пробного массива из базы данных' появляется, когда кто-то пытается сканировать массив на сканере GeneChip Scanner 3000 высокого разрешения, но патч сканирования высокого разрешения не был применен

Позиция зонда при идентификации указывает на базовую позицию в консенсусной/эталонной последовательности, где центральное основание зонда выравнивается, что является 13-м основанием 25-мерного зонда.

a. Сканеры GeneChip Scanner 3000, поставленные после 15 сентября 2003 года с серийным номером 502xxx, поддерживают сканирование с высоким разрешением.

b. Сканеры GeneChip Scanner 3000, поставленные до 15 сентября 2003 года с серийным номером 501xxx, которые были обновлены до высокого разрешения с помощью GeneChip Scanner 3000 High-Resolution Update, установленного инженером по обслуживанию оборудования, поддерживают сканирование с высоким разрешением. На задней панели сканера наклеена наклейка, указывающая на то, что обновление было выполнено.

Зонды на платформе 3' IVT находятся в смысловой ориентации.

Для гибридизации массива, промывки, окрашивания и сканирования требуется следующее оборудование:

-GeneChip Scanner 3000 7G
-Fluidics Station 450
-Hybridization Oven 640 или Hybridization Oven 645
br/>

Для сбора и анализа данных Mouse 430 2.0 Arrays требуется следующее программное обеспечение:

-GeneChip Command Console Software
-Expression Console Software