GeneChip™ Mouse Genome 430 2.0 Array, 30 массивов

Пожалуйста, обратитесь к Руководству по реагентам для микрочипов и наборов для экспрессии, чтобы подобрать правильные реагенты для вашей матрицы.

Значения гамма-параметров по умолчанию для этих массивов были установлены для обеспечения специфичности, сопоставимой с другими нашими продуктами для экспрессии генов. (Изменения значений гаммы по умолчанию относятся к 11-микронным массивам). Эти параметры настраиваются пользователем.

Приблизительно 12 минут на массив Mouse 430 2.0, что сопоставимо со временем сканирования набора массивов Mouse 430A и Mouse 430B.

Набор для гибридизации/промывки/окрашивания для GeneChip miRNA 3.1 Array Strips отличается от набора для 3' IVT array и GeneChip ST array strips. Были добавлены дополнительные этапы промывки A, чтобы обеспечить адекватную промывку после окрашивания array strips.

Первая назначенная мРНК/ген, указанная в файле аннотации для данного набора проб или транскриптного кластера, считается «лучшим» назначением на основе ранжирования качества источника данных и системы оценки назначений. Чтобы получить одно «лучшее» назначение мРНК/гена, вы можете просто взять первое в списке в файле аннотации.

Иногда между транскриптными кластерами (или набором проб) и мРНК/геном может быть несколько «лучших» совпадений с идентичным баллом и качеством источника данных. В этом случае назначения транскриптов ранжируются на основе их описаний (например, заголовка из записи GenBank).

Для транскриптных кластеров, которые обнаруживают гены, подвергающиеся альтернативному сплайсингу, различные сплайсированные формы будут ранжироваться по длине, причем самые длинные будут указаны первыми.

Один массив Mouse 430 2.0 генерирует приблизительно 130 МБ данных.

Суффиксы в конце каждого пробасета в GeneChip 3' IVT массивах указывают на известные данные о последовательности на момент разработки:
_at = все пробы соответствуют одному известному транскрипту
_a = все пробы в наборе соответствуют альтернативным транскриптам из одного и того же гена
_s = все пробы в наборе соответствуют транскриптам из разных генов
_x = некоторые пробы соответствуют транскриптам из разных генов

Чтобы получить патч для сканирования высокого разрешения, обратитесь в службу технической поддержки.

Да, но мы рекомендуем хранить ваш GeneChip 3' IVT Array после гибридизации и до этапа подачи жидкости не более 3 часов при 4 градусах C. Пожалуйста, удалите гибридизационный коктейль и заполните раствором для промывки A перед хранением.

Ниже приведен список обстоятельств и разъяснений относительно того, нужно ли применять патч для сканирования в высоком разрешении. Имейте в виду, что патч для сканирования в высоком разрешении следует применять только поверх GCOS, а не программного обеспечения AGCC.

a. GeneChip Scanner 3000 (серийные номера 502xxxxx): Инженер по обслуживанию приборов при установке применил патч для сканирования в высоком разрешении к компьютеру, который управляет GeneChip Scanner 3000, но не к рабочим станциям или серверам (см. пункты c и d ниже).

b. GeneChip Scanner 3000 (серийные номера 501xxxxx): Инженер по обслуживанию приборов применит патч для сканирования в высоком разрешении к компьютеру, который управляет GeneChip Scanner 3000, во время обновления, но не к рабочим станциям или серверам (см. пункты c и d ниже).

c. Аналитические рабочие станции и клиенты: Вы должны применить патч для сканирования в высоком разрешении.

d. Обновление сервера: Ваш администратор базы данных должен применить патч для сканирования в высоком разрешении в координации с обновлением сервера до GCOS.

e. Установка библиотечных файлов после установки или обновления сканера: Патч для сканирования в высоком разрешении должен быть повторно применен после установки библиотечных файлов для массивов, предшествующих массивам Mouse 430 2.0. Mouse 430 2.0 и библиотечные файлы готовы к сканированию в высоком разрешении. Сообщение об ошибке «невозможно прочитать параметры для типа пробного массива из базы данных» появляется, когда кто-то пытается отсканировать массив на сканере GeneChip Scanner 3000 с высоким разрешением, но патч для сканирования в высоком разрешении не был применен.

Позиция зонда при идентификации указывает на базовую позицию в консенсусной/эталонной последовательности, где центральное основание зонда выравнивается, что является 13-м основанием 25-мерного зонда.

a. Сканеры GeneChip Scanner 3000, отгруженные после 15 сентября 2003 года с серийным номером 502xxxxx, поддерживают сканирование с высоким разрешением.

b. Сканеры GeneChip Scanner 3000, отгруженные до 15 сентября 2003 года с серийным номером 501xxxxx, которые получили обновление GeneChip Scanner 3000 High-Resolution Update, установленное инженером по обслуживанию оборудования, поддерживают сканирование с высоким разрешением. На задней панели сканера имеется наклейка, указывающая на то, что обновление было выполнено

Зонды на платформе 3' IVT находятся в смысловой ориентации.

Для гибридизации, промывки, окрашивания и сканирования массива требуется следующее приборное обеспечение:

-GeneChip Scanner 3000 7G
-Fluidics Station 450
-Hybridization Oven 640 или Hybridization Oven 645

Для сбора и анализа данных Mouse 430 2.0 Arrays требуется следующее программное обеспечение:

-GeneChip: Command Console Software
-Expression Console Software